Отечественная война непосредственно Малаховки не коснулась. Правда, в октябре-ноябре 1941 г. временами слышался отдалённый глухой гул пушек. Начиная с конца июля ежедневно, обычно поздно вечером, немецкие самолёты пролетали над посёлком. Эскадрильи врага держали путь на Москву.

Бомбить дачный посёлок – тратить на это бомбы -  не было для немцев расчета. Всё же несколько бомб были сброшены на Лермонтовскую и Южную улицы, на посёлок ОБРАПРОС, зажигательные бомбы спалили несколько дач в районе Февральской улицы.

В нашей местности, как память о тяжелой године, осталась могила лётчика Ивана Круглова в Лукьяновском лесу и могилы на Малаховском и Пехорском кладбищах советских воинов, умерших в местных госпиталях от ран.

Несколько человек из Малаховки во время войны получили высокое звание Героя Советского Союза.

Юрий Сергеевич Гуров родился в городе Акмолинске в Средней Азии. Мальчиком приехал в Малаховку к тёте (фамилия ее была Вальк). В 1940 г. он окончил семь классов в 5-й Малаховской школе (теперь школа № 48). Затем учился в Москве в Ремесленном училище. С октября 1941 г. работал токарем в автобазе Моспочтамта, откуда добровольцем ушел в армию. Окончил Московское Краснознаменное пехотное училище и с сентября 1942 г. был уже на фронте.

Гуров участвовал в героической переправе наших войск через Днепр. Переправлялись без артиллерийской подготовки, как говорится «с хода». Тащили к реке доски, брёвна; снимали ворота. Красноармейцы вплавь бросились переправляться через широкий Днепр. Немцы открыли ожесточенный ружейный и пулемётный огонь. Много наших воинов погибло в волнах бурной реки. Но смельчаки добрались до правого берега Днепра и там закрепились. За эту переправу многие красноармейцы получили высокое звание Героя Советского Союза. В их числе был Гуров. За три недели до окончания войны – 15 апреля 1945 года Гуров был тяжело ранен. Это случилось в Венгрии в бою под городом Дьер.

Вот что писал его врач:

«Юрий Гуров, старший лейтенант, Герой Советского Союза, поступил в наш госпиталь в очень  тяжелом состоянии, с двумя  тяжелыми  ранениями: 1. Ранение позвоночника – полный паралич обеих конечностей, 2. Ранение грудной клетки. Я не отходил от его постели. И, несмотря на такое состояние, он своим хорошим характером заслужил любовь всех нас. Дорогие мои, не падайте духом. Он погиб храбро в боях за независимость своей родины». Юрий Гуров умер на 21-м году жизни.

В Малаховке проживал и Герой Советского Союза Иван Ефимович Плеханов. С первых дней войны Плеханов патрулировал воздушные подступы к Москве, сражался под Сталинградом. Совершил 244 боевых вылета, сбил 12 самолетов противника. В бою снаряд попал в кабину и, словно бритвой, осколок срезал руку. Сгоряча лётчик продолжал бой, потерял много крови. Последним усилием воли выбрался из самолёта и открыл парашют. Очнулся уже на операционном столе. После войны в Малаховке поселилась семья Героя Советского Союза Фёдорова. Не только жил, но и строил поселок МЭЗ Герой Советского Союза Николай Иванович Пряничников, проживали Герои Александр Иванович Тимаков и Виктор Степанович Шатров. И сейчас в Малаховке проживает Герой Советского Союза, академик, Герой Социалистического труда Иван Васильевич Мещеряков.